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机构用户解决方案

SMART-Seq® HT Kit
品牌 Code No. 包装量 价格 说明书 数量
Clontech 634436 480 Rxns 145,381 元
Clontech 634437 96 Rxns 45,432 元
Clontech 634438 192Rxns 72,691 元
Clontech 634439 96 Rxns 1,199 元
 
Code No. 产品名称
634436   SMART-Seq® HT Kit
634437   SMART-Seq® HT Kit
634438   SMART-Seq® HT Kit
634439   SMART-Seq® HT Lysis Components
 
SMART-Seq HT Kit:高通量的单重庆时时彩mRNA-seq分析
 
· 高灵敏度 - 可以从单重庆时时彩或10 pg总RNA起始制备cDNA(起始量:1-100个重庆时时彩或10 pg-1 ng总RNA)
· 高质量的测序数据 - 在SMARTer Ultra Low系列中基因检测数最多;保留全长基因信息,低rRNA比率,有效扩增GC-rich转录本
· 简便的工作流程 - 只需通过一步RT-PCR反应,即可制备cDNA文库
· 简单的样品制备 - 直接以重庆时时彩起始的单管操作流程,有助于保持样品的完整性
 
SMART-Seq HT试剂盒旨在以高通量的方式从1-100个重庆时时彩或10 pg-1 ng总RNA制备高品质的全长cDNA。该试剂盒是从第4代的SMARTER Ultra Low试剂(SMART-Seq v4)发展而来的,具有简化的操作流程,将原有的逆转录和PCR扩增步骤整合为一步,且不影响性能。重庆时时彩分离或RNA提取后,仅通过一步RT-PCR扩增双链cDNA,然后进行纯化完成操作。
cDNA合成可在4小时内完成,整个文库构建方案可在2天内完成。而且,SMART-Seq HT试剂盒具有与SMART-Seq v4试剂盒相同的灵敏度和可重复性。
本试剂的核心技术-SMART技术,是一种对全转录组研究,以及包括重庆时时彩内剪接位点,可变剪接研究的非常强大的工具,且可以检测全长基因。 Oligo(dT)可以从高品质总RNA(RIN> 8)或完整重庆时时彩中特异性扩增mRNA。 通过采用LNA技术,提升了模板转换的效率,这使得本试剂可以检测到比任何以往SMARTer Ultra Low更多的基因。
图1 SMART-Seq HT的技术流程
 
图2 SMART-Seq v4和SMART-Seq HT工作流程的比较
 
SMART-Seq HT(右)是由SMART-Seq v4方法(左)经过改进而来的一个手动操作时间更短的高通量工作流程。使用FACS方法获得单重庆时时彩,SMART-Seq HT试剂盒只需3个操作步骤即可制备cDNA,而SMART-Seq v4试剂盒需要6步。SMART-Seq HT工作流程的一个重要步骤是一步RT-PCR,即使用一步RT-PCR缓冲液,进行高效的逆转录和PCR cDNA扩增的过程。 一步RT-PCR缓冲液与AMPure bead纯化兼容,无需添加裂解缓冲液。与SMART-Seq v4试剂盒一样,SMART-Seq HT试剂盒在将cDNA用于测序文库制备(Nextera® XT)之前需要做质量控制(定量和大小分布)。
 
图3 使用SMART-seq v4 kit和SMART-Seq HT kit从FACS分选的293T重庆时时彩中获得的高重复性的基因表达数据
 
使用SMART-Seq v4试剂盒(SSv4_1-SSv4_12)和SMART-Seq HT试剂盒( HT_1-HT_9)(上图)从21个293T重庆时时彩单重庆时时彩制备文库,并对每个重庆时时彩获得的基因表达性进行评估。层次聚类热图展示了所有重庆时时彩之间的Euclidean distances,并显示从0.74到0.97的Pearson相关性。不仅用相同试剂盒制备的重庆时时彩之间可以观察到非常高的相关性,而在两种试剂盒之间的相关性也非常高。这些数据表明,SMART-Seq HT的工作流程与SMART-Seq v4相比,在基因表达分析中没有显著的偏差。
 
图4 SMART-Seq v4 kit和SMART-Seq HT kit之间基因GC含量的表达水平比较
 
分析由10 pg小鼠脑总RNA制备的文库的GC含量表示(参见表格,上图)。通过GC含量对基因进行分类,并利用散点图显示每个分类中基因的表达水平(FPKM)的重现性。使用SMART-Seq v4(Panel B)或SMART-Seq HT试剂盒(Panel C)分析,基因表达水平显示重复之间的非常高的重现性。GC含量高或低的基因(分别以红色和蓝色显示)在SMART-Seq v4和SMART-Seq HT试剂盒(Panel D)中显示相似的表达水平。因此,在新的SMART-seq HT试剂盒中引入的一步式RT- PCR反应不影响低和高GC含量基因的表达。
图5 使用SMART-Seq v4和SMART-Seq HT试剂盒鉴定的转录本高度重叠
 
分析10 pg小鼠脑总RNA制备的文库中,每个试剂盒的三个重复之间检测到的转录本数目(FPKM> 0.1)的重叠情况,发现非常相似(SMART- Seq v 4:61%,SMART-Seq HT:63%)(Panel B)。此外,对每个试剂盒的所有重复的转录本进行这两个试剂盒之间的比较,表明重叠比例为71%,重叠转录本的平均表达水平为37个FPKM。但在每个试剂盒中检测到的非重叠转录本,平均表达水平为6-7个FPKM,均较低。这也表明,低水平表达的转录本不易被识别。
 
Technote:
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产品详情请点击以下链接:
http://www.clontech.com/CN/Products/cDNA_Synthesis_and_Library_Construction/Next_Gen_Sequencing_
Kits/Single_cell_RNA_Seq_Kits_for_mRNA_seq/High-throughput_single-cell_mRNA-seq?sitex=10022:22372:US